口袋妖怪系列的核心玩法之一是通过合理培养使精灵进化，从而提升其属性和战斗力。进化系统分为多种类型，最常见的是等级进化，即精灵达到特定等级后自动触发形态变化。例如妙蛙种子在16级进化为妙蛙草，32级进化为妙蛙花。部分精灵需要特殊条件，如使用进化石（雷之石使皮卡丘进化为雷丘）、亲密度达标（吉利蛋夜间亲密度220进化为幸福蛋）或学会特定技能（大葱鸭使用三次命中要害攻击后进化为葱游兵）。掌握这些基础规则是培养强力阵容的前提。
Mega进化作为第六世代引入的特殊机制，允许特定精灵在战斗中暂时突破极限。实现该进化需要两个条件：精灵携带对应的Mega石（如喷火龙X石），且训练家拥有钥石。与普通进化不同，Mega进化仅在单场战斗中生效，结束后恢复原形态。Mega进化会改变精灵的种族值分配，超级暴鲤龙的特攻降低但物攻显著提升，超级耿鬼则获得影子标签特性。这种系统为战术搭配提供了更多可能性，但每场战斗仅限一只精灵进行Mega进化。
通信交换是部分精灵进化的必要途径，典型代表包括勇吉拉交换进化为胡地，鬼斯通交换进化为耿鬼。在联机功能中，携带道具的交换会产生特殊进化分支，比如携带金属膜的飞天螳螂交换进化为巨钳螳螂。某些版本还设置了地区形态差异，阿罗拉地区的雷丘需要雷之石在特定区域使用才能进化。玩家需注意交换进化是不可逆过程，建议提前保存个体值优秀的精灵。
究极日月版本新增的Z招式系统与进化形成联动机制。Z纯晶虽不直接引发进化，但能强化特定属性技能威力，这对未进化形态的精灵尤为重要。例如皮卡丘穿戴电Z纯晶后，十万伏特可升级为终极伏特狂雷闪。游戏后期开放的极巨化团体战也能获取特殊进化素材，如极巨糖果可加速亲密度进化进程。建议优先完成主线剧情解锁这些高级功能。
养成策略方面，建议新手优先培养御三家精灵。初始选择的火稚鸡、木守宫或水跃鱼最终进化形态均有500以上种族值，且进化路线明确。资源分配时注意性格修正，保守性格更适合特攻向的水箭龟，而固执性格利于物攻向的喷火龙。每日完成巡逻任务可获得经验糖果，合理使用能缩短进化周期。切记进化并非绝对提升，部分技能仅在特定形态才能学习，需权衡进化时机。
该系统的深度体现在属性组合变化，超级七夕青鸟通过进化获得龙+妖精双属性，完全免疫龙系技能。资料显示目前全系列共有32种进化方式，涵盖等级、道具、环境等多元触发条件。建议玩家随时查阅图鉴的进化链说明，部分隐藏条件如丑丑鱼需要美丽度达标才能进化为美纳斯。持续关注游戏活动也能获取稀有进化道具，如2024年圣诞活动曾限量发放冰之岩石。
