少年三国志群雄90阵容的羸弱环节主要体现在输出过度集中、控制链不稳定、整体生存依赖单一前排、资源分配矛盾，以及对特定阵容的抗性不足等多个方面。
阵容的核心输出通常极度依赖吕布这样的金将发挥，导致输出点单一，一旦吕布被敌方控制技能限制或提前集火秒杀，整个队伍的伤害能力就会急剧下滑，陷入输出真空的困境。阵容追求速战速决，依赖首回合的高爆发建立优势，如果在前几回合内无法打出决定性效果，战斗进入中后期，队伍会因续航和持续伤害能力不足而逐渐落入下风，面对高回复或持久战阵容时尤为吃力。
在控制和生存层面，群雄阵容虽然拥有左慈、于吉等提供控制的武将，但缺乏稳定高效的群体硬控手段，控制链比较脆弱，容易被对手的反手控制或解控技能打断。防御方面则过于依赖董卓这样的主坦克吸收伤害，其他武将的防御属性普遍偏低，一旦前排坦克被快速击破或被绕过，后排的核心输出与辅助将暴露在火力之下，生存堪忧。阵容中辅助武将如华佗，其治疗能力尚可，但提供的团队增益效果相对有限。
资源培养上的矛盾也非常突出，吕布、貂蝉等核心武将对于高星级和顶级装备的需求极高，需要玩家投入大量资源进行极限培养，这导致分配给其他辅助和控场武将的资源必然受限。若平均分配资源，则核心输出练度不足。若集中培养核心，则辅助武将生存能力薄弱，阵容体系容易因短板而崩溃。在面对高闪避、高格挡的敌人时，阵容输出的稳定性会进一步下降，且由于自身解控能力不强，一旦被对手的先手控制链压制，往往会陷入被动挨打的局面。
尽管存在这些薄弱环节，但通过优化站位保护核心、合理搭配合击兵符与神兵来弥补控制与生存、并根据实战对手灵活调整副将选择，可以在一定程度上增强阵容的容错率和应对能力。
