首先需要完成前置任务神樱大祓的荒海部分，这是开启千门虚舟的关键条件。来到荒海传送点后，你会看到一棵樱树，树下有主机关和四个雷元素方碑。其中三个方碑可以直接用雷元素激活，最后一个需要先完成上方五个雷元素方块的解密才能激活。激活所有方碑后，点击樱树根下的机关就能进入被树根缠绕的洞口。
进入洞口后，注意观察周围环境，这里有三个小狐狸石像。使用任务赠送的留念镜照射它们，石像后方会出现隐藏机关。激活机关后，地下通道的门就会打开，接下来就能进入废弃神社区域。往左走会看到一个小房间，里面有五个雷元素方块组成的解密机关。解密方法是击打左下角石头两下，再击打右上角石头两下，这样就能解开机关使水位部分下降。
水位下降后继续前进，需要通过一段游泳的路程。门边有可以站立恢复体力的平台，游到前方楼梯处上去。回头会发现第二个水位控制机关，这次只需击打中间的石头两下就能完全降下水位。沿着干涸的通道前进，点亮途中的锚点，来到最后的大门前。往右侧看会发现钟离柱子的位置，这里需要完成两个石板解谜。
第一个石板解谜要按照特定路线走完所有格子，注意蓝色发光的格子要最后踩。完成后继续前进，右手边会出现第二个类似的解谜机关。成功解开这两个机关后，启动最后的控制装置，千门虚舟秘境就会从地下升起。这时你就能正式进入这个充满挑战的秘境了，记得在探索过程中留意周围可能隐藏的宝箱和其他收集品。
